正相色譜用的固定相通常為硅膠，以及其他具有極性官能團，如胺基團和氰基團的鍵合相填料。由于硅膠表面的硅羥基或其他團的極性較強，因此，分離的次序是依據樣品中的各組份的極性大小，即極性強弱的組份zui先被沖洗出色譜柱。正相色譜使用的流動相極性相對比固定相低，如：正乙烷、氯仿、二氯甲烷等，以調節流動相的洗脫強度。通常用于分離極性化合物。一般認為正相色譜的分離機制屬于分配色譜。組分的分配比K值，隨其極性的增加而增大，但隨流動相中極性調節劑的極性增大（或濃度增大）而降低。同時，極性鍵合相的極性越大，組分的保留值越大。

反相色譜填料常是以硅膠為基礎，表面鍵合有極性相對較弱的官能團的鍵合相。反相色色譜所使用的流動相極性較強，通常為水，緩沖液與甲醇，已腈等混合物。樣品流出色譜柱的順序是極性較強組合zui先被沖出，而極性弱的組份會在色譜柱上有更強的保留。常用的反相填料有C18、C8、C4、C6H5等。