蛋白質是細胞活性及功能的zui終執行者，蛋白質之間復雜的相互作用決定著生物體的復雜程度。機體細胞內蛋白質之間相互交叉作用可以從分子水平揭示蛋白質的功能，而且對于提示生長、發育、分化、凋亡以及理解生物調控機制等生命活動規律至關重要，為探討重大疾病的機制、疾病治療、疾病預防和新藥開發提供了重要的理論基礎。因此，了解、闡明蛋白質之間相互作用的機制意義重大，是后基因組時代生命科學與其他學科交叉研究的熱點。熒光蛋白憑借其快捷靈敏、即時檢測和無需破壞活細胞的特點，在此領域也受到熱捧。

據報道，熒光蛋白是目前細胞分子生物學廣泛應用的分子探針，在細胞生物學、組織工程、基礎醫學領域也有廣泛應用。熒光蛋白以其可以在活細胞正常生理水平下即時反應細胞、生物大分子和蛋白質相互作用的特點大大推進了活細胞內的分子探針技術的發展。例如，從發光水母Aquoria victoria中分離的綠色熒光蛋白(GFP)和來源于珊瑚Discosoma sp的紅色熒光蛋白(DsRed，RFP)是兩種廣泛使用的熒光蛋白。

研究人員以綠色熒光蛋白(GFP)和紅色熒光蛋白(RFP)為材料，通過基因工程的方法將RFP和GFP的N末端和C末端插入特異的定位信號，使得兩種熒光蛋白單獨表達(或連接無相互作用的蛋白對)時，在細胞內的空間位置上分離。當待測蛋白A和B無直接相互作用時，它們在細胞內不會結合或者相互接近，檢測系統的綠色熒光和紅色熒光將會分別在細胞的核外和核內表達;當待測蛋白A和蛋白B具有直接的相互作用時，它們在細胞內會相互結合或者相互接近，兩種熒光在核內會產生共定位的現象。這種新型檢測系統采用經典的抗凋亡蛋白Bcl-2和Bak-BH3短肽作為蛋白對測試系統，共定位現象明顯，系統靈敏可靠。