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蛋白質組深度覆蓋分析(in-depth proteome)已成 為蛋白質組學研究的發展趨勢, 通過大規模鑒定和 挖掘極低豐度的蛋白, 為信號通路、分子靶點和生物 標志物的研究提供重要信息. 然而, 由于全蛋白樣本 的復雜性, 蛋白質組深度鑒定對色譜分離要求很高, 通常需要進行二維分離(強陰離子交換、高pH反相等), 或使用一維長梯度分離, 以降低高豐度蛋白的干擾 [1,2] . 但這樣消耗了大量時間, 重現性也不佳, 成為蛋 白質組深度覆蓋研究的瓶頸. 

靜電場軌道阱(orbitrap)質量分析器具有超高分 辨率、超高靈敏度等特點, 有效推動了蛋白質組學的 發展[3,4] . 新型 Q-OT-qIT(Orbitrap Fusion)質譜系統將四極桿(quadrupole, Q)、靜電場軌道阱(orbitrap, OT)和線性離子阱(linear quadrupole ion trap, qIT) 3 種 質量分析器集為一體, 利用動態掃描管理技術, 實現 了 3 種質量分析器同時工作并相互協作, 一級、二級 掃描同時進行, 使分析效率達到大化[5] . Hebert 等 人[6]利用 Q-OT-qIT 質譜, 5 次重復實驗, 在 70 min 有 效梯度下鑒定到約 4000 個酵母蛋白, 同樣的結果, 目前的文獻報道至少需要 4 h, 分析效率(單位時間蛋 白鑒定數量)提高了 4 倍以上[7,8] . 基于此, Hebert 等 人[6]提出“一小時酵母蛋白質組”的概念, 即 1 h 左右的短梯度實現酵母蛋白質組深度覆蓋. 蛋白質 組學已進入新的時代.