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都是薄膜過濾法，集菌儀做無菌結果要求無菌，微生物限度的話是可以有菌的，集菌儀上面放反復使用培養器的話是可以做純化水微生物限度的。微生物限度檢測儀是做微生物限度檢測用的，就是一個密封的濾膜過濾裝置，后取濾膜到平板培養基上進行培養，集菌儀也有密封濾膜過濾裝置，過濾后可直接灌注培養基到濾膜背面，然后直接就可以培養了。

微生物限度檢測裝置采用不銹鋼金屬材料制成,將供試品注入微生物限度培養器內,通過檢驗儀自真空泵負壓抽濾,將供試品中微生物截留在濾膜上,用取膜器取出濾膜,轉移至配置好的固體培養基上,菌面朝上,平貼.蓋上蓋子形成封閉的培養盒,置相應的恒溫培養處內培養并計數。