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離子交換色譜是指離子交換色譜中的固定相中的一些帶電荷的基團，這些帶電基團通過靜電相互作用與帶相反電荷的離子結合。如果流動相中存在其他帶相反電荷的離子，按照質量作用定律，這些離子將與結合在固定相上的反離子進行交換。
離子交換色譜柱采用薄膜無孔核顆粒，能以高分離度和柱效分離蛋白變體，解析僅有單個帶電荷殘基差異的異構體。
分離原理：
使用表面有離子交換基團的離子交換劑作為固定相。帶負電荷的交換基團（如磺酸基和羧酸基）可以用于陽離子的分離；帶正電荷的交換基團（如季胺鹽）可以用于陰離子的分離。不同離子與交換基的作用力大小不同，在樹脂中的保留時間長短不同，從而被相互分離。
離子交換色譜柱的優點是：
1、具有開放性支持骨架，大分子可以自由進入和迅速擴散，故吸附容量大。
2、具有親水性，對大分子的吸附不大牢固，用溫和條件使可以洗脫，不致引起蛋白質變性或酶的失活。
3、多孔性，表面積大、交換容量大，回收率高，可用于分離和制備。
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