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固相萃取的基本程序一般可分為以下五個步驟，但在實際應用中可根據分析手段對樣品的要求對這五個步驟進行增加或減少。比如，當使用離子交換原理進行樣品萃取時就需要增加調節萃取體系pH的步驟。
步驟：
1.固相萃取柱的預處理活化：用適當的溶液對固相萃取柱進行預處理活化，可以展開碳氫鏈，增加和目標分析物作用的表面積，可以除去柱上吸附的對分析有影響的雜質，保證良好的萃取再現性，同時注意在上樣前預處理好的固相柱必須保持濕潤。
2.固相萃取柱的上樣：將樣品加于固相萃取柱中，用正壓或負壓使樣品通過柱子，控制好樣品的流速，對于生物樣品，一般控制在1.5 ml/min。對于以離子交換為作用機理的萃取，樣品通過固相萃取柱的速度應該適當的降低，以保證分析物有足夠的時間與SPE柱填料的離子交換功能團發生充分的作用。
3.固相萃取柱的淋洗：用適當的清洗溶劑選擇性地洗掉附著力弱的雜質而保留目標分析物于固相萃取柱上。清洗溶劑的選擇取決于最后的分析手段。
4.固相萃取柱的干燥：如最后的清洗溶劑為緩沖溶液或水溶性有機溶劑，而分析手段為反相HPLC，固相柱上的殘留水對分析影響不大。但是，當洗脫劑為非水溶性有機溶劑或分析手段又為GC或GC-MS時，固相柱的干燥就顯得特別重要。
5.目標分析物的洗脫：選擇洗脫溶劑時必須考慮有足夠強度的洗脫劑，要以最小用量的洗脫劑將盡可能多的目標分析物洗脫下來；同時還要兼顧洗脫劑必須有足夠的選擇性，選擇只將目標分析物洗脫，而吸附力強的雜質保留在柱上。
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