研究背景
ABC轉運蛋白(ATP-binding cassette transporter)是一類ATP驅動泵,在人類基因組已發現48種,分為7個亞家族(A-G)。ABC轉運蛋白由兩個跨膜結構域(TMD)和兩個胞質側ATP結合域(NBD)組成。TMD通過構象變化實現分子跨膜轉運,NBD結合或水解胞漿中的ATP,確保轉運底物所需能量。而在ABCA亞家族中特-有的結構是胞外結構域(ECD)和調控結構域(RD),尚未在其他亞家族中發現。
南方科技大學龔欣課題組致力于研究ABCA亞家族相關蛋白的三維結構和轉運機制。2017年,龔欣老師作為顏寧教授課題組成員,在Cell雜志首-次報道了ABCA1近原子分辨率的冷凍電鏡結構。近年來龔欣課題組陸續解析了ABCA3、ABCA4的冷凍電鏡結構及轉運機制模型。
ABCA3主要定位于肺泡II型(AT2)細胞內的層狀體(LBs)。肺表面活性劑能夠降低肺泡表面張力,維持正常呼吸。ABCA3參與表面活性劑的生成,其突變會導致表面活性劑缺陷,引發嚴重的肺部疾病,如新生兒呼吸窘迫綜合征、間質性肺炎等。目前還沒有治療ABCA3突變引起的遺傳性疾病藥物。
ABCA4基因只編碼視網膜上特定的ABC轉運體,ABCA4蛋白幾乎只存在于視網膜的視桿細胞的外節盤緣上。現有研究表明ABCA4作為翻轉酶,可以將磷脂酰乙醇胺(PE)和全反式視黃醛(ATR)形成的脂質衍生物—視黃基磷脂酰乙醇胺(NRPE),從外節膜盤的腔內側轉運到細胞質側,通過促進NRPE的轉移,進而促進視網膜再生和生成維生素A。
ABCA4存在于視網膜細胞上,屬于脂質內向翻轉酶,可將NRPE從外節膜盤的腔內側轉運到細胞質側。ABCA4的脂質轉運功能受損,會使得全反式視黃醛ATR和NRPE在外節膜盤的腔內側發生過量積累,引起視網膜退行性疾病,如常見的遺傳性黃斑變性疾病、年齡相關的黃斑變性、色素性視網膜炎和錐桿營養不良等。盡管ABCA4在視覺系統脂質轉運、視循環過程中起著至關重要的作用,但此前對于ABCA4的分子結構、底物識別和轉運機制還缺乏相應的研究。
研究內容
在本研究中,研究人員通過體外重組表達和純化獲得ABCA3蛋白、ABCA4蛋白,測定ABCA3、ABCA4各自的ATP酶活性和相應的酶動力學參數,純化后的蛋白存在與先前報道一致的蛋白切割和糖基化修飾,均表現出強大的ATP酶活性。研究人員通過冷凍電鏡技術,確定ABCA3、ABCA4分別在apo狀態、結合ATP時的三維結構。
01:ABCA3、ABCA4的結構
ABCA3與ABCA4結構基本相似,兩者最-大區別是ECD結構域的差異。研究發現,ABCA3的ECD只覆蓋堿基的核心區域,ABCA4的ECD結構相對較大,可分為蓋層、隧道層和基底層三層,并且其中一個ECD中存在一個擴展環用于底物結合。
圖1 ABCA亞家族蛋白三維結構
02:ABCA4的底物識別
ABCA4對底物NRPE的識別進一步說明TMD存在底物結合位點。ABCA4的底物NRPE被夾兩個TMD之間,但完-全暴露在脂質雙分子層中,表明脂質底物從管腔膜小葉側向進入跨膜區的底物結合位點。當存在PE時ATR可刺激ABCA4的ATP酶活性,在與NRPE底物的復合物結構中,觀察到NRPE結合位點的準確性。
03:TMD在ABCA3、ABCA4中的構象
TMD區域內存在“側向通道”,2個側向空腔可作為底物結合位點。本研究驗證了基質從膜內小葉進入的“側向通道”機制。在無核苷酸狀態下,ABCA3的TMDs表現出與ABCA4和ABCA1無核苷酸時相似的側向開放構象,允許脂質底物從2個膜小葉中側向進入TMD。TMD內2個帶正電荷的側向空腔可以作為潛在的底物結合位點,而填充在2個TMD之間空腔中的脂質分子維持著TMD在這種側向開放構象中的穩定性,同時證明側向開放構象是依賴ATP的結合。
04:ABCA轉運機制模型
ABCA3、ABCA4的構象在結合ATP前后發生相似的變化,通過“側向進入和擠壓”機制轉運脂質分子。當無ATP和底物存在時,TMD表現出V型橫向開放構象,允許NRPE從腔膜小葉橫向進入,識別并結合底物。當結合ATP后,NBD二聚化,TMD的V型側向開放構象伴變成封閉構象,無法與底物結合,將脂質底物擠壓過膜,實現脂質底物的跨膜翻轉。
圖3 ABCA蛋白轉運機制模型
研究結論
本研究通過冷凍電鏡解析ABCA3、ABCA4在不同轉運狀態下的高分辨率三維結構,以及ATP驅動脂質底物轉運過程中的構象變化,揭示ABCA3、ABCA4對脂質底物獨-特的“側向進入和擠壓”的轉運機制,為ABCA3、ABCA4的功能研究以及相關疾病的藥物研發提供重要的結構基礎,也為闡明ABCA轉運蛋白底物識別和轉運機制提供新方向。
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