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便攜式傅里葉紅外氣體分析儀的氣樣出口都是通大氣的，不論是何種，都必須注意保證使儀器獲得具有代表性的樣品。在分析煙道氣時，原始氣流又潮又熱，還可能有特殊物質，應該特別注意避免特殊物質冷凝、沉積在分析器的氣室窗口上。因此，儀器的使用應與取樣的技術結合起來。
取樣系統一般包括雜質過濾、干燥、壓力控制和流量控制等。對于高溫煙道氣還需有冷卻裝置。取樣系統的組成應視被監測的環境、背景條件而定。取樣系統的有效性對儀器正常運行具有重要作用。任何灰塵或水氣在測量氣室中的沉積或冷凝都會給儀器零點穩定性和測量精度帶來不良影響，甚至使儀器不能工作。因此，要定期清洗和更換取樣系統的有關部分，以維護取樣系統的清潔和有效性。
在儀器投入正常工作以后，每周至少要用標準氣樣校準刻度一次，以確保儀器分析的準確性。所用的標準氣樣可是標準混合氣制造部門提供的鋼瓶裝標準氣，也可以是臨時以動態法或靜態法制備的標準氣樣。標定分析器時，要先校正儀器的零點和終點。
那么如何校準便攜式傅里葉紅外氣體分析儀呢？
1、通電預熱30分鐘，檢查所接管路是否有泄漏。被檢儀表不帶數值顯示功能的在電信號輸出端接數字校準儀或萬用表。
2、零點校準后，把標準量程氣體接入儀器入口，并把流量通過標準氣體氣瓶的減壓閥調節到0.5L/min，穩定3min后，測量其輸出值應在標準量程氣體對應的電流值;否則調節量程電位器。
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